Dado a que el Instituto Superior de Estudios Misioneros Pablo Sexto (ISEMPS), está configurado en su estructura académica, en su método y en sus opciones, de acuerdo a las opciones básicas de la formación intelectual, dependen directamente del Instituto. Es dentro del instituto, con su estructura específica, que se van realizando las evaluaciones pertinentes y tomando las medidas necesarias, para garantizar la formación académica de los candidatos de la Fraternidad Misionera de María. 

Se promueve una formación capaz de alcanzar la excelencia académica a partir del reconocimiento de las diversidades culturales, y personales utilizando el método de enseñanza genético-histórico y desarrollando un espíritu reflexivo-crítico, para que se forme en los candidatos la capacidad de reconocer la Verdad Revelada, de modo que sepan luego discernir la complejidad del mundo actual desde una perspectiva misionera, para realizar juicios y aportes prácticos.